HAL Laboratory bắt đầu bằng việc làm trò chơi cho MSX và Commodore VIC-20.[6] Sau khi xảy ra căng thẳng tài chính do quá trình phát triển Metal Slader Glory (1991) cho hệ máy Famicom, gây ra. Nintendo đề nghị giải cứu HAL khỏi phá sản với điều kiện nhân viên của HAL là Iwata Satoru sẽ được sbổ nhiệm làm chủ tịch và chính thức trở thành chủ tịch từ năm 1993 đến năm 2000.[7] Iwata sau đó trở thành chủ tịch của Nintendo.

Logo 'Inutamago' được chủ tịch HAL Laboratory lúc bấy giờ, Iwata Satoru, sáng tạo ra vào năm 1998. Việc này được xử lý bởi Itoi Shigesato, sau khi trải qua nhiều ý tưởng khác nhau. Ông ấy đã đi đến chủ đề về 'một mối liên kết bất ngờ... một mối liên kết mang đến sự ra đời của một cái gì đó mới' dẫn đến ý tưởng về một con chó ấp trứng trong tổ. Thiết kế thực tế do Akiyama của HAL tạo ra và HAL Laboratory chính thức sử dụng vào năm 1998 mặc dù sự tiếp nhận ban đầu chưa rõ rệt.[8]

Nhiều trò chơi bắt đầu được làm từ đầu đến giữa những năm 1990, dưới tên HALKEN, bắt nguồn từ tên tiếng Nhật của họ. Một số tựa trò chơi ban đầu cũng phát hành dưới tên HAL America Inc. (HAI), một nhánh ở Bắc Mỹ của công ty do Terakura Yash đứng đầu có trụ sở tại Beaverton, Oregon, USA.[9]

Vào tháng 8 năm 2001, HAL Laboratory and Nintendo thành lập Warpstar, Inc. trong một liên doanh (trong đó mỗi bên sở hữu 50% cổ phần của công ty) với mục tiêu quản lý Kirby IP cùng với bản quyền của nó, quyết định thành lập công ty chủ yếu là vì loạt phim hoạt hình Kirby: Right Back at Ya!. Sau khi anime kết thúc, công ty vẫn tồn tại và hiện đang hoạt động với giấy phép và giám sát nhân vật trong trò chơi, hàng hóa và các phương tiện truyền thông khác.[4][10]

Trong nhiều năm, trung tâm phát triển của công ty tại Tokyo nằm ở tầng tám của Tòa nhà Nintendo Tokyo Prefecture, bản thân công ty là ở Nihombashi, Chuo-ku, Tokyo, nhưng vào tháng 8 năm 2003, công ty thông báo về một cuộc tái cấu trúc đang diễn ra. và trung tâm phát triển tại tòa nhà sẽ chuyển đến tòa nhà văn phòng chính của HAL ở Kanda Suda-cho, Chiyoda-ku, Tokyo. Mặc dù sự thay đổi này xảy ra đối với công ty có trụ sở tại Tokyo, nhưng bộ phận Yamanashi của HAL không bị ảnh hưởng bởi những thay đổi của công ty.[11]

Vào năm 2017, HAL Laboratory thông báo họ sẽ phát triển và tự phát hành trò chơi dành cho thiết bị di động với thương hiệu HAL Egg, tập trung vào các nhân vật hoàn toàn mới và nhượng quyền thương mại, với các kiểu thiết kế khác với những gì các nhà phát triển của công ty thường làm. Tựa trò chơi đầu tiên do họ đưa ra là Part Time UFO.[12] Công ty đã phát hành phiên bản thu nhỏ của máy tính MZ-80C vào tháng 10 năm 2017[13] và phiên bản thu nhỏ của PC-8001 vào tháng 10 năm 2019.[14]

Vào năm 2020, HAL Laboratory đã cập nhật số lượng nhân viên của họ từ 169 lên 195 và công ty quay trở lại Tòa nhà Nintendo Tokyo mới, với văn phòng chính và xưởng phát triển Tokyo, ở trên cùng một tòa nhà với Nintendo EPD Tokyo, Nintendo PTD Tokyo, 1-Up Studio và Game Freak như một keiretsu.[15] Như đã nói, xưởng Yamanashi vẫn tiếp tục ở vị trí cũ như trước và không chuyển đến tòa nhà Nintendo.